Cũng như ở các kĩ thuật cấy ghép nội tạng khác, lá gan được cấy ghép sẽ bị cơ thể đào thải nếu bệnh nhân không sử dụng thuốc ức chế miễn dịch. Tuy đối với cấy ghép gan, nguy cơ thải ghép giảm dần theo thời gian nhưng phần lớn bệnh nhân cấy ghép gan vẫn phải sử dụng thuốc ức chế miễn dịch trong suốt phần đời còn lại.